Дифференциально-диагностическое отделение функционирует на 40 коек.  3-4 местные палаты соответствуют всем санитарно-эпидемиологическим требованиям и оснащены кислородными консолями. Палаты повышенной комфортности, оснащены функциональными кроватями, бытовой техникой, санузлом с душевой кабиной. В каждой палате имеется кнопка вызова медицинского персонала. Имеется палата интенсивной терапии, оборудованная кардиомониторами, инфузоматами, перфузорами.

  Проводится лечение больных с  зоонозными инфекциями (бруцеллез, листериоз, иерсиниоз), вирусными гепатитами, менингиты (гнойные и серозные). На сегодняшний день отделение специализируется на лечении такого зоонозного заболевания как бруцеллез. Для своевременного выявления активно используются методы лабораторной и инструментальной диагностики. Среди лабораторных методов применяются серологические, иммунологические (ИФА и определение АСЛ бруцеллезной специфичности) исследования. Кроме того, проводится диагностика и лечение вирусных гепатитов, имеется весь спектр ИФА, ПЦР, биохимической диагностики гепатитов.  Широкие возможности лаборатории больницы позволяет получать этиологическую расшифровку заболеваний при менингитах и менингоэнцефалитах, что способствует правильному подбору терапии. В диагностике используются бактериологические, иммунологические, серологические, ПЦР исследования.

Также применяются следующие виды инструментальных исследований: компьютерная томография, ультразвуковое исследование, рентгенография, электрокардиография, ЭФГДС. Проводятся консультации необходимых специалистов.

В отделении работает высокопрофессиональный коллектив, обученный навыкам ведения, лечения и ухода за больными с инфекционными заболеваниями. Проводятся консультации и консилиумы тяжелым больным совместно с профессорами и доцентами кафедры инфекционных и тропических болезней  КазНМУ им С.Асфендиярова. 

В отделении соблюдается зональность, меры по индивидуальной защите сотрудников и санитарно-эпидемиологического режима.  

Заведующая отделением – Баятова Меруерт Айдыновна врач-инфекционист, стаж работы 2 года. В 2022 году окончила резидентуру КазНМУ им.С. Асфендиярова по специальности «инфекционные заболевания, в том числе детские».

Старшая медицинская сестра отделения— Зайр Балжан Батырхановна, стаж работы 10 лет. Имеет первую квалификационную категорию.

Сестра-хозяйка отделения— Авамуслимова Маужоде Пашиновна, работает в ГКИБ с 2012 года. Награждена медалью «Халық алғысы» за заслуги в борьбе с COVID-19 в период пандемии.